陈恭尹“修髯伟貌,气局深沉”,其父陈邦彦为明末岭南抗清主力,与陈子壮、张家玉一起,被尊为“岭南三忠”。隆武二年(1646)清军陷广州,其父陈邦彦举兵抗清,兵败被俘,被清军寸磔于市,全家除陈恭尹侥幸逃走外均同时遇难。丧亲之痛,延续到陈恭尹晚年,仍无法释怀。他晚号“独漉子”,取自古乐府:“独漉独漉,水深泥触。……父冤不报,欲活何为!”南明时,陈恭尹进朝泣陈其父为国殉难情状,永历帝授以世袭锦衣卫指挥佥事之职。
其父陈邦彦是明末清初广东抗清斗争的发起人之一,也是一位享有声誉的宿儒。他自小受父亲的思想影响颇深,并在父亲的指教下攻读诗书,擅长写诗作赋。永历元年(1647),他的明崇祯四年(1631)九月二十五日(10月20日),在广东省顺德县出生。
崇祯十六年(1643)(12岁),丧母。
永历元年(1647)(16岁),父陈邦彦抗清战败,被俘获处死。家人或被清兵杀害,或死于战乱;出逃南海弼唐,后被湛粹接到增城新塘。
永历五年至八年(1651-1654)(20-23岁),在福建、江西、浙江、江苏一带,避难,访友,进行反清复明活动。
永历八年(1654)春,增城新塘,与湛粹次女湛银成婚。
永历十二年(1658)(27岁),前往云贵,欲投奔南明永历帝,因清军封锁,行至湖南湘潭,改道北上,转