何承天,东海郯城人,叔伯祖父何伦,是西晋时右尉将军,何承天五岁时父亲就去世了,母亲徐氏,是徐广的姐姐,生性聪慧学识广博,所以何承天小时候便开始接受教义,经史百家,没有不详尽通习的。其叔父何月兮是益阳县令,他跟随何月兮一起去任所。
晋隆安四年(400),南蛮校尉桓伟任命何承天为参军,当时殷仲堪、桓玄等人相继举兵反抗朝廷,何承天惧怕祸乱不息,遂弃职还于益阳。起义之初,长沙公陶延寿任命何承天为他的辅国府参军,派人通报以尊奉宋高祖,于是任命何承天为浏阳县令,不久他便离职还于京都,抚军将军刘毅镇守姑孰城,授官何承天为兼代参军。刘毅曾经外出行走,鄢陵信史陈满用弓箭射鸟,箭误中了