刘元卿从小发奋读书,隆庆四年(1570年)在江西乡试中夺魁,后来在他人的推荐下,带着向朝廷的上书和文卷参加会试,但因“五策伤时,忏张居正”,未获取录,还险遭杀身之祸。隆庆六年(1572年)他创立复礼书院。万历二年(1574年)再次参加考试,又没有被取录,于是绝意功名,回到家乡,研究理学,收徒讲学。
万历七年(1579年)神宗诏毁书院,全国大多数书院被迫停办,而刘元卿把复礼书院改名为“五谷神祠”,仍聚众讲学如故。后来学禁解除,复礼书院又恢复原名,此后名声更大,“道日益隆,誉日益广”。复礼书院有严密的学规,且教育质量好,以致湖南、湖北等省的有志之士都不远千里来此求学,海